分子参考标准样本类型液体活检液体活检对任何液体活检工作流程充满信心可交换的游离 DNA 对照

由于其微创性质,液体活检仍在发展成为基因组评估的关键焦点。为了支持这一持续发展,需要强有力的控制来进行从分析开发到临床常规监测的液体活检。我们的细胞系衍生 cfDNA 参考标准品模拟临床样本中的循环肿瘤 DNA。

等位基因频率低至 0.1% 对您的检测限充满信心控制具有一系列等位基因频率的临床样本的可变频率分子参考标准分析技术桑格和qPCR桑格和qPCR精确等位基因频率的参考标准单基因、多变异对照

深度覆盖常见肿瘤学提示基因,具有多种突变类型

基因包括:

BRCA1/BRCA2 - 与乳腺癌关系最密切 EGFR - 一种生长因子调节基因,在多种癌症类型中显示 KRAS - 一种与 EGFR 通路相关的细胞信号调节剂 特征明确、可互换的材料 我们的细胞系衍生参考标准密切代表了任何患者样本的等位基因频率涵盖广泛的肿瘤突变率分子参考标准分析技术NGS使 NGS 工作流程保持一致从测定开发到常规监测

Horizo​​n 的参考标准是一致、可靠的工具,可确保 NGS 测定以最高水平运行

优化和验证新的和现有的 NGS 工作流程分析灵敏度和任何检测的特异性获得检测限和定量限的确定性通过可互换的对照模拟患者样本我们的细胞系衍生参考标准可以密切代表任何患者样本等位基因频率,涵盖广泛的肿瘤突变率产品查询

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分子参考标准格式RNA 融合RNA 融合FFPE

RNA 参考标准中的RNA 融合是验证从RNA 输入开始的测序测定的理想对照。这些可互换的标准品在其基因组 DNA 中包含肿瘤相关融合,并且源自细胞系。

还提供匹配的野生型(融合阴性)对照。

分子参考标准格式gDNA基因组DNA (gDNA)使用gDNA对照优化和验证任何工作流程确定任何检测的检测限

我们的参考标准包含一系列等位基因频率(从0.1 - 50%),使您能够轻松确定检测限和定量限制。

确认拷贝数变异和等位基因频率调用

我们的细胞系衍生标准具有精确的拷贝数和等位基因频率,并通过 ddPCR 确认。

分子参考标准品格式 FFPEFFPE 福尔马林固定参考标准控制分析前步骤的变异性

我们的 FFPE 参考标准品旨在支持任何测序工作流程的预分析步骤,包括:

DNA 提取DNA 定量具有可互换对照的模拟患者样本细胞系-源自患者可互换性可提供一系列等位基因频率分子参考标准格式无细胞 DNA 无细胞 DNA (cfDNA) 对任何液体活检工作流程充满信心可交换的无细胞 DNA (cfDNA) 对照

使用我们的细胞系衍生参考标准模拟临床样本中的循环肿瘤 DNA。我们的 cfDNA 对照可在合成血浆和缓冲液中使用,平均片段长度为 160-170bp

等位基因频率低至 0.1% 对您的检测限充满信心控制具有一系列等位基因的临床样本的变异性频率分子参考标准分析技术大型 NGS 面板对大型 NGS 面板工作流程充满信心OncoSpan - 最大的肿瘤学参考标准

通过广泛的控制简化您的工作流程并减少对多个参考标准的需求

超过 386 个变体涵盖 152 个关键癌症基因批次特异性 VCF文件包含多种变体类型,包括结构和融合分析基因组内容以及结构背景结构变体包括拷贝数变体 (CNV)、易位和大插入/删除 (indels)FFPE 中的 RNA 融合siRNA targeted sequence is usually 21 nt in length. Avoid regions within 50-100 bp of the start codon and the termination codon Avoid intron regions Avoid stretches of 4 or more bases such as AAAA, CCCC Avoid regions with GC content 30% or 60%. Avoid repeats and low complex sequence Avoid single nucleotide polymorphism (SNP) sites Perform BLAST homology search to avoid off-target effects on other genes or sequences Always design negative controls by scrambling targeted siRNA sequence. The control RNA should have the same length and nucleotide composition as the siRNA but have at least 4-5 bases mismatched to the siRNA. Make sure the scrambling will not create new homology to other genes. Tom Tuschl\'s rules Select targeted region from a given cDNA sequence beginning 50-100 nt downstream of start condon First search for 23-nt sequence motif AA(N sub 19). If no suitable sequence is found, then, Search for 23-nt sequence motif NA(N sub 21) and convert the 3\' end of the sense siRNA to TT Or search for NAR(N sub 17)YNN Target sequence should have a GC content of around 50% A = Adenine; T = Thymine; R = Adenine or Guanine (Purines); Y = Thymine or Cytosine (Pyrimidines); N = Any. Rational siRNA design By experimentally analyzing the silencing efficiency of 180 siRNAs targeting the mRNA of two genes and correlating it with various sequence features of individual siRNAs, Reynolds et al at Dharmacon, Inc identified eight characteristics associated with siRNA functionality. These characteristics are used by rational siRNA design algorithm to evaluate potential targeted sequences and assign scores to them. Sequences with higher scores will have higher chance of success in RNAi. The table below lists the 8 criteria and the methods of score assignment. A sum score of 6 defines the cutoff for selecting siRNAs. All siRNAs scoring higher than 6 are acceptable candidates. *Tm = 79.8 + 18.5*log sub 10([Na+]) + (58.4 * GC%/100) + (11.8 * (GC%/100)2) - (820/Length) For example, the Tm can be calculated as follows for the siRNA UUCUCCAGCUUCUAAAAUA Tm = 79.8 + 18.5*log sub 10(0.05) + (58.4 * 31.6/100) + (11.8 * (31.6/100)2) - (820/19) Tm = 32.19 There are two siRNA design tools which implement this siRNA design algorithm: one is offered by Dharmacon, Inc; the other is a downloadable Excel template, written by Maurice Ho at http://boz094.ust.hk/RNAi/siRNA.References Elbashir SM et al. (2001) Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells. Nature. 411:494-498. Elbahir SM et al. (2001). Functional anatomy of siRNAs for mediating efficient RNAi in Drosophila melanogaster embryo lysate. EMBO J. 20:6877-6888. Elbashir SM et al. (2002). Analysis of gene function in somatic mammalian cells using small interfering RNAs. Methods. 26:199-213. Reynolds A, Leake D, Boese Q, Scaringe S, Marshall WS, Khvorova A. Rational siRNA design for RNA interference. Nat Biotechnol. 2004 Mar;22(3):326-30. http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html Maurice Ho,Rational siRNA Design